Një tjetër mision arkeologjik ka nisur punën në Apoloni, për të ndihmuar në zbulime të reja që do të hedhin dritë në studimin e qytetit antik.
Që nga viti 1992 ekspeditat janë një bashkëpunim shqiptaro-francez, të cilat kanë në fokus zonën e Akropolit dhe pjesën e sipërme të agorasë së qytetit të Apolonisë.
Gërmimet e para në Apoloni filluan nga arkeologu austriak, Camilo Praschniker në vitin 1916-1918.
Arkeologu francez, Leon Rey, i filloi gërmimet në vitin 1924 deri më 1938 në qendrën monumentale të Apolonisë. Gërmimet sistematike filluan nga shqiptarët në 1947 nga arkeologu Hasan Ceka, pjesë e Institutit të Arkeologjisë në Tiranë.
Gërmimet u realizuan dhe vazhduan me një bashkëpunim shqiptaro-rus nga 1958-1960, me arkeologët Selim Islami, Hasan Ceka dhe V. Blavatski.
Pas vitit 1961, gërmimet në Apoloni u realizuan nga Instituti i Arkeologjisë në Tiranë me një sërë arkeologësh si: Hasan Ceka, Aleksandra Mano, Burhan Dauti, Vangjel Dimo, Bashkim Vrekaj, Lami Koço
